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Un Molecular Oncology Almanac per dati molecolari integrati

Marco Filetti By 14 Ottobre 2021No Comments
Speciali

La promessa dell’oncologia di precisione è quella di personalizzare il trattamento di ciascun paziente in base al profilo molecolare unico della propria neoplasia. Nella pratica clinica, tuttavia, mantenere questa promessa è molto complesso; infatti analizzare e sintetizzare tutte le informazioni che oggi si possono ricavare da ciascun paziente e da ogni tumore richiede uno sforzo attualmente non applicabile in maniera routinaria. Infatti, ad oggi, gli strumenti analitici usati per effettuare un approccio di precisione si concentrano tipicamente sulle singole alterazioni di geni considerati “chiave”.

Questi pannelli genici in genere non includono altri importanti tipi di dati, come le mutazioni germline o le fusioni somatiche. Scienziati e oncologi in genere considerano queste caratteristiche isolatamente, piuttosto che insieme ai tratti che caratterizzano un tumore a livello globale. I ricercatori del Dana Farber Cancer Institute (DFCI) e del Broad Institute del Massachusetts Institute of Technology (MIT) e di Harvard hanno sviluppato uno strumento che integra una varietà di dati molecolari provenienti da pazienti e tumori, con l’obiettivo di implementare una vera medicina di precisione.

Come descritto in un lavoro recentemente pubblicato su “Nature Cancer”, gli autori hanno creato uno strumento che potrebbe aiutare a migliorare l’interpretazione dei profili molecolari tumorali. Lo strumento, chiamato Molecular Oncology Almanac (MOAlmanac), integra diversi tipi di dati provenienti dai pazienti e dai loro tumori per identificare quelli collegati alla prognosi della malattia e alla resistenza o sensibilità alle terapie. La piattaforma potrebbe anche aiutare i ricercatori a trovare una linea cellulare tumorale con un profilo molecolare simile a quello di uno specifico tumore, nonché individuare molecole che possano uccidere quelle cellule o bloccarne la crescita in laboratorio.

I ricercatori hanno sviluppato MOAlmanac e lo hanno testato retrospettivamente su diverse coorti di pazienti, identificando circa due strategie terapeutiche per paziente e fornendo più ipotesi cliniche rispetto agli algoritmi che analizzavano solo profili genici limitati. Infine hanno confrontato le strategie terapeutiche proposte dalla metodologia completa MOAlmanac con quelle somministrate a 83 pazienti nel trial Investigation of Profile-Related Evidence Determining Individualized Cancer Therapy (I-PREDICT, NCT02534675), uno studio clinico prospettico che valuta terapie personalizzate basate su panel sequencing (Foundation Medicine’s FoundationOne). Le relazioni tra le caratteristiche molecolari e le indicazioni cliniche dello studio sono state riviste e classificate in base ai livelli di evidenza MOAlmanac. Nel 47% dei casi si è osservata una sovrapposizione dell’indicazione data dal nuovo tool rispetto a quella suggerita nello studio, al contrario nel restante 53% dei casi MOAlmanac ha individuato nuove potenziali strategie terapeutiche diverse da quelle intraprese.

La potenzialità di MOAlmanac è quella di effettuare una interpretazione integrata di vari livelli di dati genomici per singoli profili molecolari. Inoltre, per migliorare ulteriormente l’agibilità, ha sviluppato una strategia che esegue il “match-making” tra il profilo molecolare di un paziente e quelli provenienti da modelli preclinici (ad esempio linee cellulari tumorali con le stesse caratteristiche molecolari). L’incorporazione di MOAlmanac in futuri studi traslazionali e clinici consentirà di validare l’efficienza di questo interessante tool in studi prospettici randomizzati così da implementare la performance dei trial di medicina di precisione.

Reardon B, Moore ND, Moore NS et al. Integrating molecular profiles into clinical frameworks through the Molecular Oncology Almanac to prospectively guide precision oncology. Nat Cancer 2021; https://doi.org/10.1038/s43018-021-00243-3