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Comprehensive Genomic Profiling nella pratica clinica, uno studio italiano

By 4 Maggio 2020Giugno 3rd, 2021No Comments
Speciali

Qual è il potenziale utilizzo della tecnologia FoundationOne®CDx nella pratica clinica in un setting “real world” e quale potrebbe essere il suo impatto nella decisione clinica? Prova a rispondere a queste domande uno studio italiano pubblicato sulla rivista ESMO Open Cancer Horizons.

FoundationOne®CDx è un servizio di Comprehensive Genomic Profiling che si avvale di tecniche esaustive e validate per esaminare più del 99% della sequenza codificante di 309 geni correlati al tumore, un gene con una regione promoter e un gene ncRNA, oltre agli introni selezionati di 34 altri geni (21 dei quali includono anche gli esoni codificanti), per un totale di 324 geni correlati al tumore. FoundationOne®CDx è inoltre in grado di rilevare Genomic Signatures quali Microsatellite Instability (MSI) e Tumor Mutational Burden (TMB) la cui valutazione può permettere di identificare meglio i pazienti che possono beneficiare maggiormente dell’immunoterapia. FoundationOne®CDx, attraverso l’approccio di Comprehensive Genomic Profiling (CGP), è in grado di identificare alterazioni clinicamente rilevanti. Il test è utilizzato per profilare i tumori solidi, inclusi: NSCLC, tumore colorettale, tumore mammario, tumore ovarico e melanoma. Un gruppo di ricercatori del Dipartimento di Medicina di Precisione dell’Università degli Studi della Campania “Luigi Vanvitelli” coordinato da Fortunato Ciardiello ha preso in esame 122 campioni di tessuto tumorale, ma soltanto 84 (68.85%) sono stati utilizzabili per il test, a causa delle modalità di fissaggio in paraffina utilizzate, delle modalità di prelievo del tessuto e del tempo intercorso dal prelievo. Quelo che emerge è che i campioni “ideali” per ottenere la massima resa dovrebbero essere campioni istologici derivati dalla chirurgia fissati di recente (<5 anni) in un blocco FFPE. I campioni sottoposti a test riguardavano tumore colorettale (25 campioni) NSCLC (16 campioni) carcinoma ovarico (10 campioni), tumore del tratto biliare (9 campioni), tumore della mammella (7 campioni), tumore gastrico (7 campioni).

Le alterazioni genetiche più frequenti tra quelle riscontrate erano riferite a TP53 (45.9%), KRAS (19.6%) e APC (13.9%). Va però specificato che tutti i campioni, anche quelli inviati al basale, erano già stati sottoposti ad analisi molecolari di routine (ad esempio stato RAS/RAF nel carcinoma del colon-retto, mutazione EGFR in NSCLC, sovraespressione di ERBB2 nel carcinoma gastrico) e quasi tutti i campioni di tumori della mammella e i campioni ovarici presentavano una ben nota mutazione di BRCA. Per questo motivo, tutti questi dati non sono stati inclusi nelle informazioni utili per la decisione terapeutica.

A – Overall summary of gene alterations detected. B – Subtype of gene alterations found in the total population.

I ricercatori concludono che l’utilizzo della tecnologia FoundationOne®CDx nella pratica clinica sarebbe di grande utilità, perché permetterebbe al clinico di focalizzare la scelta terapeutica su popolazione target massimizzando l’efficacia del trattamento e i benefici clinici. Una maggiore comprensione della biologia del tumore del paziente attraverso questo test potrebbe inoltre essere utile non solo per identificare una terapia, ma anche per rivelare meccanismi di sensibilità e resistenza ai trattamenti precedenti. Ad esempio, in un paziente con risposta patologica completa (pCR) dopo una prima linea con FOLFOX+panitumumab (adenocarcinoma del retto di stadio IV), F1CDx ha rivelato un’amplificazione del gene EGFR che potrebbe spiegare la risposta ottimale.

La profilazione genomica completa con FoundationOne®CDx nella pratica clinica è utile e fattibile scegliendo accuratamente i campioni da testare per massimizzare il beneficio. Il test è soprattutto consigliato in pazienti con buon performance status (non più di ECOG 1), che non hanno più trattamenti approvati disponibili o con risposta o resistenza inattesa a una terapia il cui tumore potrebbe essere guidato da una rara e specifica alterazione.

BIBLIOGRAFIA – De Falco V, Poliero L, Vitello PP, Ciardiello D, Vitale P, Zanaletti N, Giunta EF, Terminiello M, Caputo V, Carlino F, Di Liello R, Ventriglia A, Famiglietti V, Martinelli E, Morgillo F, Orditura M, De Vita F, Fasano M, Napolitano S, Martini G, Della Corte CM, Franco R, Altucci L, Ciardiello F, Troiani T. Feasibility of next-generation sequencing in clinical practice: results of a pilot study in the Department of Precision Medicine at the University of Campania ‘Luigi Vanvitelli’. ESMO Open Cancer Horizons 2020;5:e000675 doi: 10.1136/esmoopen-2020-000675